農匠ナビ1000プロジェクト第2期（H28年度～H30年度）への参画
農匠ナビ（株）は、九州大学 南石教授が代表を務めた農匠ナビ1000プロジェクトに研究機関として参画しました。
農匠ナビ（株）の担当課題は、農匠自動水門の開発や、他画面映像コンテンツの確立、農匠PDCA（農匠技術パッケージの組み合わせ技術）でした。
農匠ナビ1000プロジェクト第1期（H26年度～H27年度）への参画
農匠ナビ1000プロジェクト第1期では、農匠ナビ株式会社設立以前の農業法人4社がそれぞれ研究機関として参画しました。
石川県のぶった農産、茨城県の横田農場、滋賀県のフクハラファーム、熊本県のAGLの4社がそれぞれ研究課題を持ち、研究開発に取り組むとともに、成果報告・学会発表も行いました。農林水産省の研究プロジェクトに農業者が研究者として参画した初めてのプロジェクトでした。
地球規模課題対応国際科学技術協力プログラム（SATREPS）への協力
SATREPSは 、 国立研究開発法人科学技術振興機構（JST）
並びに国立研究開発法人日本医療研究開発機構（AMED） と独立行政法人国際協力機構（JICA） が共同で実施している研究プログラムです。
農匠ナビは、東京大学 岡田教授とCIAT石谷研究員が代表を務めた南米コロンビアでのプロジェクト『遺伝的改良と先端フィールド管理技術の活用によるラテンアメリカ型省資源稲作の開発と定着』に協力しました。
戦略的イノベーション創造プログラム（SIP）
SIPは、府省・分野を超えた横断型のプログラムで、基礎研究から実用化・事業化までを見据え、規制・制度改革や特区制度の活用等も視野に入れて推進していくものです。
農匠ナビは、圃場での実証試験に協力するとともに、農業データ連携基盤（WAGRI）に協力しています。